学院于2001年6月由原安徽大学交通分校和安徽交通学校合并组建，与安徽交通干部学校合署办公。安徽大学交通分校1988年经教育部批准设置；安徽交通学校始建于1956年，1958年曾升格为安徽交通学院；安徽交通干部学校建于1988年。 学院教学机构设有土木工程系、汽车与机械工程系、城市轨道交通与信息工程系、管理工程系、航海系、文理科学系、基础系、成教部等7系1部，研究机构设有教育研究室、道路与桥梁工程研究所、管理工程研究所、综合交通运输研究所、工程性移民安置研究所、计算机应用研究所等6个；职业技能鉴定机构设有交通部所属的交通行业职业技能培训工作站、劳动和社会保障厅直属的职业技能鉴定所等4个；产业实体有安徽交院监理咨询有限责任公司、安徽通达驾驶员培训有限责任公司、安徽振华综合交通运输研究所等3个。 学院现有44个招生备案专业，覆盖交通运输、土木建筑、装备制造等8个专业大类17个专业类，已形成交通土建施工、汽车运用技术、城市轨道交通、现代流通服务、水上运输等五大特色专业群，其中国家级重点建设专业、改革试点专业、示范专业10个，省部级主干专业、综合改革试点专业、精品专业、特色专业17个，满足了市场产业结构调整和产业转型升级对技术技能人才的需求。
窦晓光：2002.11-2015.9；张国栋：2015.9至现今任安徽交通职业技术学院院长
