山西中医药大学的前身为1978年创办的山西医学院中医大学班，1989年经原国家教委批准成立山西中医学院，2001年开始招收硕士研究生，2017年5月经教育部批准正式更名为山西中医药大学。
1982年，国务院批准筹建山西中医学院。
1989年，经原国家教委批准，正式成立山西中医学院。
1999年6月，学校通过了原国家教委本科教学工作合格评价。
2001年，开始招收硕士研究生。
2002年，开始招收留学生。
2007年4月，学校以“良好”的成绩通过了教育部本科教学工作水平评估。
2013年，获批招收港澳台地区本科生。
2014年，学校高水平通过教育部中医学专业认证。
2015年4月27日，学校入选 “卓越医生（中医）教育培养计划改革”试点高校，并承担“中医学五年制本科人才培养模式改革”试点项目1项。
2015年9月11日，山西省人民政府与国家中医药管理局签署共建山西中医学院协议。
2016年12月，广州中医药大学与山西中医学院正式签署“广州中医药大学支持筹建山西中医药大学战略合作协议”。
2017年2月27日，山西省人民政府学位委员会、山西省教育厅正式批准山西中医学院为新增博士学位授予单位（点）立项建设高校，建设期为3年。
2017年5月10日，教育部正式批准山西中医学院更名为“山西中医药大学”。 截至2018年10月，学校有晋中、太原两个校区，占地979亩；学校教学科研仪器设备总值达17331.73万元，馆藏纸质图书95万册，电子图书310万册、各类数据库36个；学校开办有21个本科专业，有全日制在校生10562人，其中研究生836人。学校下设12个二级教学机构，开办有21个本科专业，涵盖医、工、管、理等多个学科门类。学校有4所三级甲等直属附属医院。附属中医药研究院是省内中医药领域规模最大、水平较高、综合实力最强的集医疗、科研、教学为一体的中医医疗机构。附属第二中医院是一所综合性中医院，中医特色突出，综合实力较强，是全国中医院中医药文化重点建设单位；附属第三中医院是全国仅有的两所三级甲等针灸专科医院之一，是中国中医药研究促进会针灸康复分会主任委员单位；附属中西医结合医院是国家中医药管理局中西医结合重点建设单位。
